日本所得稅採「申告納稅制度」，簡單來說就是納稅者需自行計算所得並確認要繳納多少稅金。而制度當中又有白色申告以及青色申告兩種，白色申告為一般申告方式，所以通常會建議有在日本置產的人辦理青色申告。

青色申告是指備齊政府所指定的帳簿資料且符合條件，包括採用複式簿記，並提出借貸對照表、損益計算書、固定資產台帳等書類，才可利用的申告法，必須事先向稅務署申請認可，若獲得認可的話，就可適用特殊退稅條例，以及申告時可控除前年損失金額等對我方有利的措施。

以個人名義申請青色申告時有「特別免稅額有65萬及10萬兩種」、「赤字損益可分三年遞延」、「10萬至30萬的可折舊資產支出可視為一次性經費」等優點，但必須滿足房產所得、個人事業所得或山林採伐或買賣事業所得三項之一有營收才可使用。