日本的「源泉徵收稅」類似於台灣的「所得稅代扣」，當「非日本居住者」有以下情形時，就會依法令進行源泉徵收。

在日本持有租賃物件時

當承租方是法人公司、或個人契約但做為事務所與店舖等用途時，源泉徵收稅率為20.42%，自租金中先行扣繳，每年申報所得稅時，可針對應繳所得稅後的差額進行補退，實質的年度租金總收入是相同的。

當出售日本不動產時

成交時需扣繳買賣金額的10.21%作為讓渡所得稅的源泉徵收稅，隔年3月完成確定申告後會多退少補。

由於日本稅務署只將溢繳的款項退還至居住者帳戶，若在日本國內無居住者帳戶，便無法辦理退稅，因此一定要委託在日持有居住資格的納稅管理人或稅理士協助處理。